Historiquement, la crèche a été créée en 1986 par un groupe de professionnels de la petite enfance qui ne trouvaient pas, dans les modes de garde proposés sur Toulouse, un système qui leur convenait pour assurer la garde de leurs propres enfants. Ces éducateurs de jeunes enfants ont alors proposé un mode de garde « alternatif » qui leur semblait le mieux répondre aux exigences des parents en matière d’accueil du jeune enfant.

S’inspirant de la pédagogie dite de « Lóczy », du nom d’une pouponnière hongroise créée en 1947 à Budapest pour les orphelins de guerre, célèbre pour la pédagogie innovante de sa directrice, la pédiatre hongroise Emmi Pikler, la crèche des Vitarelles a, dès sa genèse, mis l’accent sur des principes fondateurs tels que la verbalisation, le jeu libre ou le respect de l’activité autonome.